中国-中东欧国家高校联合会，是中国与中东欧十六国的高等教育机构在自愿基础上结成的非营利性组织，于2014年9月22日在天津启动。来自10个中东欧国家的12所高校，16所中方高校签署了《中国-中东欧国家高校联合会成立宣言》，中国-中东欧高校联合会正式成立。
温州医科大学是中国-中东欧国家高校联合会成员学校。温州医科大学在2021年6月9日第七届中国(宁波)-中东欧国家教育合作交流会上应邀加入浙江-中东欧国家教育智库联盟，并在联盟理事会第一次全体会议上当选为联盟常务理事单位。此外，温州医科大学还积极参与中国-中东欧国家高校联合会的活动，并在2016年10月12日参加了中国-中东欧国家高校联合会第三次会议，副校长曹建明在会上作了主题发言，介绍了学校的国际化办学特色和成果。
